Introducción: investigar la percepción que tienen los estudiantes sobre las relaciones interdisciplinarias con la Farmacología en el proceso de enseñanza aprendizaje en la carrera de Estomatología resulta necesario, teniendo en cuenta que esto constituye un indicador de la calidad, pertinencia y equidad en la Educación Médica. Objetivo: valorar la percepción que tienen los estudiantes sobre las relaciones interdisciplinarias con la Farmacología en el proceso de enseñanza aprendizaje de las asignaturas clínicas de la Disciplina Principal Integradora en la carrera de Estomatología. Métodos: se realizó un estudio observacional descriptivo transversal entre noviembre y diciembre de 2020, Facultad de Estomatología, Universidad de Ciencias Médicas de Santiago de Cuba. La muestra quedó conformada por 82 estudiantes de 3er, 4to y 5to años. Se analizaron las variables: opinión estudiantil y percepción estudiantil y se aplicó un cuestionario conformado por siete ítems y tres alternativas de respuestas: siempre, a veces y nunca. Se empleó el porcentaje como medida de resumen. Resultados: la opinión estudiantil sobre las relaciones interdisciplinarias con la Farmacología mediante los componentes didácticos, arrojó predominio de la alternativa de respuesta a veces en cinco items, y la proporción esperada de percepción estudiantil favorable fue de un 15,8 %. Conclusiones: la percepción que tienen los estudiantes sobre las relaciones interdisciplinarias con la Farmacología se valora como poco favorable, lo cual apunta hacia la necesidad de ejecutar acciones didácticas para favorecer dichas relaciones en aras de perfeccionar el proceso de enseñanza aprendizaje.