Introducción: establecer relaciones interdisciplinarias entre la Farmacología y las asignaturas clínicas de la Disciplina Principal Integradora en la carrera de Estomatología, requiere de un trabajo metodológico sistemático y coherente entre estos colectivos docentes. Objetivo: valorar el estado de las relaciones interdisciplinarias entre la Farmacología y las asignaturas clínicas de la Disciplina Principal Integradora en la carrera de Estomatología. Método: se realizó un estudio observacional descriptivo transversal, entre noviembre y diciembre de 2020, Facultad de Estomatología, Universidad de Ciencias Médicas de Santiago de Cuba. Por muestreo probabilístico aleatorio simple se seleccionó una muestra de 34 profesores de las asignaturas clínicas de la Disciplina Principal Integradora. Se analizaron las variables: estado de las relaciones interdisciplinarias con la Farmacología, categoría y opinión docente. Se aplicó un cuestionario conformado por diecinueve preguntas y se empleó el porcentaje como medida de resumen. Resultados: el estado de las relaciones interdisciplinarias con la Farmacología en las dimensiones didáctica y académica obtuvo una puntuación de 1,9, y en las dimensiones metodológicas e investigativa obtuvo puntuaciones de 1,5 y 1,1, respectivamente. La proporción esperada de opinión docente desfavorable fue de un 50,0 %. Conclusiones: el estado de las relaciones interdisciplinarias que establecen las asignaturas clínicas de la DPI con la Farmacología de manera general resulta no adecuado, con peso causal en las dimensiones metodológica e investigativa.