Introducción: el desarrollo de la interdisciplinariedad entre la unidad curricular Farmacología y las asignaturas clínicas de la Disciplina Principal Integradora la carrera de Estomatología, resulta indispensable para la formación integral del futuro egresado. Objetivo: identificar los problemas que limitan el desarrollo de la interdisciplinariedad entre la Farmacología y las asignaturas clínicas  en la carrera de Estomatología. Métodos: se realizó un estudio observacional descriptivo transversal entre noviembre y diciembre de 2020, Facultad de Estomatología, Universidad de Ciencias Médicas de Santiago de Cuba. Por muestreo no probabilístico se seleccionó una muestra de 18 actividades docentes de las asignaturas clínicas de la Disciplina Principal Integradora y por muestreo probabilístico aleatorio simple una muestra de ocho directivos académicos. Se midieron las variables: relaciones interdisciplinarias con la Farmacología (se observa, no se observa y se observa poco) y opinión de directivos académicos (siempre, a veces y nunca). Como instrumento de medición se empleó guía de observación y de entrevista, respectivamente. Se empleó el porcentaje como medida de resumen. Resultados: en más del 50 % de las actividades docentes de las asignaturas clínicas de la Disciplina Principal Integradora, no se observa las relaciones interdisciplinarias con la Farmacología. En las entrevistas realizadas a los directivos académicos, predominó la opinión nunca. Conclusiones: los problemas identificados limitan el desarrollo de la interdisciplinariedad entre la unidad curricular Farmacología y las asignaturas clínicas de la Disciplina Principal Integradora en la carrera de Estomatología, lo cual incide negativamente en la calidad de la formación del futuro egresado.